五月上旬，日本雇佣军在印尼爪哇岛和苏门答腊岛等地发动的集体叛变最终以叛军向帝国军全面投降而结束。六个旅团的五万余叛军绝大部分都按照劝降的明治国王的命令向帝国军缴械投降，但部分死硬的军国分子仍然执迷不悟地顽固抵抗。叛军总指挥小川又次、第二旅团长白川义则、第四旅团长町田经宇、第五旅团长岸本鹿太郎等多名叛军高级军官以及超过百名的中下层军官在巨大的失望和精神幻灭中纷纷自杀殉国，第三旅团长武藤信义和第六旅团长山田虎夫等人则纠结了一小批中下层军官，带领部分叛军拒绝投降并潜入附近地区的山峦丛林里负隅顽抗。这伙顽固至极的叛军中下层军官主要是大队长和中队长，包括第一旅团参谋长寺内寿一、第二旅团第8步兵联队长小矶国昭、第二旅团长第2联队第1大队长松井石根、第三旅团参谋长南次郎、第三旅团作战参谋本庄繁、第四旅团第10联队第2大队第3中队长阿南惟几、第五旅团第5联队第4大队第1中队长山下奉文等等。对于这批死心塌地要为日本帝国殉葬的死忠份子，帝国军的围剿部队一律采取了格杀勿论的对策。
    日本雇佣军全面投降后，附庸于日军的印尼抵抗军也彻底树倒猢狲散。这些乌合之众本来就是为虎作伥，此时见势不妙自然分崩离析。但帝国军在叛军那里得到了大量的印尼抵抗军的情报资料，因此对残余日本叛军进行剿灭的同时，帝国军也对印尼的抵抗势力进行了最后的清洗。这些零零散散的局部战争在印尼境内共持续了一年多，印尼的死难者超过50万。
    被全部关押进战俘营内的叛军很快就迎来了秋后算账。策划并实施这场叛乱以及在叛乱期间屠杀人质的雇佣军官兵全部一律被帝国南洋军区军事法庭以“叛乱罪”、“叛国者”、“屠杀平民罪”、“非法囚禁帝国平民”、“胁迫帝国政府和帝国皇帝”等多项罪名判处死刑。其中，“叛乱罪”是帝国政府宣判给叛军的主要罪名，因为他们反叛大中华帝国；而“叛国罪”则是日本王国政府宣判给叛军的主要罪名，因为日本王国政府和日本王室已经宣布和叛军划清界限，不承认日本叛军的合法性，也不承认日本叛军的行为是受到了日本政府的允许和支持，这场叛乱也不是日本政府策划的。因此，日本叛军不但是帝国的叛军，也是日本王国的叛军。
    已经自杀的小川又次、白川义则、町田经宇、岸本鹿太郎等叛军主要指挥者和策划者全都被帝国军焚尸扬灰，不给予他们“帝国藩属国友军阵亡将士”的待遇，尸体也不进行安葬，火化后骨灰全部抛入大海。叛军副总指挥兼第一旅团长泷泽月、总参谋长田中义一以及参与策划叛乱或实施屠杀行为的第一旅团第1联队长杉山元、第7联队长林铣十郎、第二旅团第2联队长冢田攻、第三旅团第9联队第1大队长东条英机、第四旅团第4联队第2大队第1中队长牛岛满、第2中队长木村兵太郎、第五旅团第5联队第1大队长安藤利吉、第六旅团第12联队第1大队第1中队长谷寿夫300多名中高层军官全部被判处死刑。另外还有7000多名直接参与抓捕、关押、屠杀帝国平民的日本雇佣军士兵也都被判处死刑。日本雇佣军所属的水路军用运输船队总指挥山本五十六等人也涉及叛乱，同样被判处死刑。日本雇佣军被帝国军进行前所未有的全面清洗，印尼地区的抵抗势力也遭到帝国军全面的剿灭。根据估计，大约1万名日本雇佣军官兵被判处死刑或关押进军事监狱，另外还有超过10万名印尼抵抗分子和超过35万名印尼地区同情或支持抵抗势力的平民在持续一年的围剿中被帝国军消灭。
    经过调查后，性格比较温顺且害怕反叛帝国的宇都宫太郎、柴五郎、畑俊六、西尾寿造、多田骏、今村均、筱冢义男等数十名日本雇佣军的中高层军官曾在反叛当初都持有反对意见，他们认为这个行动凶多吉少且胜算极低，因此并不赞成。也许这些人对帝国的忠心没有多少，但他们对帝国的畏惧却是经过证明的。宇都宫太郎、柴五郎等人被提升为雇佣军的高级将领。
    5月15日，帝国政府正式对外宣布：发生于帝国印尼省境内的叛乱事件已经得到妥善解决，除了一开始被叛军集体屠杀的一万名人质以及随后伤亡于局部小规模战役中的人质外，被叛军扣押的其他19万名人质平民都得到了解救。叛军的首脑和这场大规模叛乱的策划者、实施者、参与者以及抓捕、关押、屠杀帝国平民的执行者都已被军事法庭和帝国军绳之以法。
    消息传来后，帝国举国欢腾。德奥土等盟国也纷纷发来贺电。
    同一天，日本王国政府、日本王国大正国王嘉仁、日本王国明治太上王睦仁也先后发表公开声明，宣布日本王国反对任何反对中华帝国以及破坏中日友好关系的组织和活动，任何形式的日本复国组织和日本叛军都并非日本王国所支持和扶植的。日本王国尊奉并忠诚于中华帝国为本国宗主国，绝不进行任何反对中华帝国的行为。任何试图恢复“日本帝国”或试图破坏中日之间宗藩关系的行为对于日本王国来说都是非法的，日本王国更加从来没有支持或纵容、默许、暗示任何形式的复国组织和反华行为。日本雇佣军叛军在印尼地区成立的“日本帝国临时政府”不具备任何法律地位，该伪政府发表的任何对外宣言都是无效的，都是日本政府所不承认的。正在任何地区进行着反抗中华帝国行为的日本人都是日本王国的叛国者。
    这三个明哲保身的声明使日本政府彻底和日本雇佣军叛军划清了界限，也意味着日本雇佣军试图邀请美国和中华帝国“共同管治”日本的声明被完全否决。美国军方试图染指日本以此来监视和抗衡中华帝国的意图自然随之流产，还在印尼热带丛林里做困兽之斗的武藤信义、山田虎夫、寺内寿一、小矶国昭等人也成了被本国所抛弃的叛国者。
    日本雇佣军的叛乱以帝国基本全胜而告终。
    此时，随着“鼠疫克星”链霉素被帝国卫生部研发出来，肆虐帝国本土前前后后超过六个月的大瘟疫也逐渐偃旗息鼓。
    全面而细致的统计数据很快被卫生部和国务院统计局送到了圣武皇帝面前，统计报告上那一串串令人发指的数字几乎是触目惊心。
    这场大瘟疫爆发于1910年11月初，疫病源头为广州，随即在湘江、北京、天津、南京、上海、重庆等多个地域核心城市同时爆发，继而扩散弥漫至帝国的华南、华北、华东、西南等大片地区，波及河北、江苏、浙江、安徽、福建、广东、东山、四川8个省以及2个陪都、3个直辖市、2个特别行政区，超过20座大型城市、100多座中小型城市以及数以千计的乡镇村庄成为疫区。疫情终止于1911年5月底，前后持续近7个月，给帝国带来了空前严重的民众死伤和前所未有的财产损失。疫情最严重的时期为刚刚爆发的前两个月，各地政府由于没有心理准备和临危时产生的各种混乱，导致疫情几乎得不到控制，随后的四个月里情况逐渐好转，各个疫区和隔离区的建立以及交通道路的封锁，都使得疫病基本不再进一步扩散，最后由于克制鼠疫的链霉素被帝国卫生部研发出来，使得整场疫病中最为肆虐的鼠疫也得到彻底的扑灭。伤亡和损失最惨重的地区为广州市和珠江三角洲，原先拥有七百五十万人口的帝国第四大城市，广州市，经过这场浩劫后几乎是一蹶不振，多年的发展建设成果化为乌有，全城十室九空、曝骨履肠，这座昔日繁华的华南两大核心城市之一几乎化为一座死城、空城。
    华南地区：疫病感染者超过400万人，死亡65.5万；
    华东地区：疫病感染者超过130万人，死亡14.2万；
    华北地区：疫病感染者超过85万人，死亡9.6万；
    西南地区：疫病感染者超过60万人，死亡7.4万；
    全国总计：疫病感染者超过700万人，死亡105万余人。
    除此之外，还有4500多名医务工作者、公务人员、政府官员、警察、军人等工作人员在疫情中因公殉职。另外，这场大瘟疫给帝国造成的财产损失更加是难以估算。疫病的爆发点和重疫区基本都是帝国的沿海地区，华北的渤海湾地区、华东的长江三角洲地区、华南的珠江三角洲地区、港澳台...都是帝国的重点经济发展区和轻工业主要集中区。经过疫情长达半年多的肆虐，这些地区几乎满目疮痍。数以万计的工厂企业因此而倒闭，疫区的金融体系濒临崩溃，各地政府为了抗灾而财政赤字、入不敷出，社会生产陷入瘫痪和停顿。保守估计，这场大瘟疫给帝国带来的经济损失超过30亿元，几乎等于帝国一年半的国民收入。疫情让帝国的经济遭到了前所未有的重创，几乎是元气大伤，多年苦心经营的金融体系被严重破坏。
    抗疫的收尾工作仍然在卫生部的主持下有条不紊地进行着。而在帝国国务院、帝国国会、帝国国防部、帝国陆海军总参谋部，“报复日本”已经成了帝国政界和军方统一的强烈要求。
    尽管日本政府和日本王室急急忙忙地同引起这场滔天巨祸的日本复国会和日本叛军划清了界限，但这丝毫没有减弱帝国国内对日本的刻骨仇恨。此时的帝国各界各地，都充满了排山倒海般的对日本的极度仇恨，一波波反日仇日风暴犹如暴风骤雨般此起彼伏。帝国军政高层对日本也无不咬牙切齿。国会上议院和下议院没有任何分歧，帝国民主党和帝国君主党这一次也没有任何分歧，各方意见极度统一，都强烈要求对日本进行全面的报复，彻底清除这颗祸害无穷的毒瘤。
    实际上，这些政客也很清楚，如果他们在这种举国上下群情激奋的时候还“冒天下之大不韪”地为日本说好话，不但会引起民众对自己的选票数目，也会影响自己在民众以及圣武皇帝心中的形象。没有了民众的支持和圣武皇帝的青睐，那意味着自己的政治生涯自此而终。因此，不管是出于私心还是公义，上议院、下议院、民主党、君主党的议员政客们此时一个比一个更加义愤填膺，一个比一个更加愤慨激进。
    从四月底开始，帝国首都的大街上和市中心的圣武广场上便接连不断地爆发一场又一场游行示威活动以及联名集体请愿活动，人次数以百万计。这些活动基本都是由民主党或君主党领导的，也有群众自发组织的，成员大部分是热血青年或来自疫区的请愿民众。热血青年们咬牙切齿地高喊各种仇日反日的口号，震耳欲聋的口号声直冲云霄：
    “消灭日本！灭绝日本！”
    “为死难同胞报仇雪恨！”
    “铲除日本！一统东亚！”
    数以十万计从疫区赶来的请愿民众则无不嚎啕大哭、泪如泉涌，凄切的痛哭声令人肝肠寸断、闻者心碎。这些因为瘟疫而家破人亡、妻离子散的民众漫山遍野地跪倒在圣武皇宫前，高举着皇帝的画像和自己死难亲人的照片以及各种标语。请愿民众们的哭喊声犹如杜鹃泣血：
    “皇上为我们做主哪！”
    “皇上为我们主持公道呀！”
    “我全家都死光了！请皇上为他们报仇呀！”
    很多领头的请愿民众甚至还是当地的村长、乡长、镇长、县长等中基层政府官员，因为他们的故乡遭到疫病肆虐后，十室九空、哀鸿遍野。爱民之心让这些政府官员义不容辞地领导了这些请愿活动。除此之外，还有不少热血青年在皇宫前集体静坐抗议，或咬破指头写血书，抗议帝国政府对日政策过于软弱。各军区、各部队的请战书也犹如雪片般飞到皇帝面前。尤其北洋军区和帝国军驻扎日本的三个集团军，各个集团军司令、军长、师长、团长等军官联名上书，强烈要求帝国趁此机会彻底屠灭日本，让日本人为他们的行为付出十倍百倍的代价，为死难于疫情中的百万同胞报仇雪恨，为帝国彻底铲除这颗遗祸无穷的毒瘤。
    让圣武皇帝以及众帝国高层更加感到悲痛的一件事随后从北京传来。2月20日那天赶往华北地区指挥部队镇压东北叛乱的帝国陆军总司令吴俊垒元帅不幸感染黄热病，根据调查，吴俊垒在北京西苑机场下机后，曾在附近数万逃难人群里接触过一个已经携带黄热病隐性病毒的小女孩，同时还和多名难民进行了近距离接触，从而导致吴俊垒自身也感染上了隐性黄热病。但接下来战事紧张，吴俊垒和身边的工作人员都忽略了卫生检查。因此当疫病发作时，已经难以救治。5月18日晚上，吴俊垒因抢救无效在北京第一军医院病逝，享年四十六岁。
    噩耗传来后，圣武皇帝和众人无不感到晴天霹雳般极度震惊，随后，众人齐齐潸然泪下，圣武皇帝本人更加是泪如雨下。
    吴俊垒是原先解放军三排长，二十年来战功赫赫，对帝国和复兴中华的伟大事业一直赤胆忠心，是帝国陆军的中流砥柱。汉军起事后，吴俊垒几乎参与了所有的重大战役，包括灌县战役、第一次反围剿战役、第二次对抗九国联军的战役，直到最后率领第五集团军攻陷清廷首都北京，为帝国的诞生建立了不朽的功勋。特别是第一次反围剿战役时，吴俊垒成功说服了川南大凉山地区的百万彝族民众加入大汉王国，并在汉军危急关头率领三万彝族军参战，从而一举奠定了汉军第一次反围剿战役的全面胜利。帝国建立后，吴俊垒被授予陆军元帅军衔，是帝国首批的五位元帅之一，同时担任陆军总司令。十多年来，吴俊垒为帝国陆军的现代化建设呕心沥血，再次做出了不可磨灭的贡献，使得帝国陆军成为无论是巡逻装备还是作战理念都堪称世界一流的强大军队。他的意外去世，是帝国和帝国陆军无法挽回的重大损失。
    获悉总司令去世后，帝国陆军各军区各部无不涕泪交零，川南大凉山地区的彝族各部落家支更加是悲痛欲绝。吴俊垒当初说服川南彝族归顺大汉王国后，一直言而有信地致力于对川南地区的开发，并在川南建立了第一座现代化的工业城市攀枝花，大大促进了川南地区的经济发展，也前所未有地改善了川南彝族民众的生活水平，因此深得当地彝族百姓们的爱戴。当初与吴俊垒义结金兰的三位彝族头领几乎难以置信这个噩耗，三位头领和众彝族百姓哭声震天，百万族人一起披麻戴孝，沉痛哀悼这位情深意重的汉族兄弟。
    吴俊垒去世后，圣武皇帝数日一直神情恍惚。5月25日，吴俊垒的遗体经过专列运至四川邛崃山地区，郑重举行国葬并长眠于邛崃山皇家园陵。这里既是他们的起点，也是终点。数以千计的帝国军政高层和数以万计的民众参与了葬礼，帝国西线军总司令华震东元帅、帝国南线军总司令龙兴汉上将、已经退役了的陆军元帅聂士成和海军元帅丁汝昌也都一起到场。葬礼上，圣武皇帝泪如泉涌，萧浩然、卞经纬、诸葛明、段江涛、舒国生等人也都潸然泪下。
    “昔日一起风雨同舟、把酒言欢，可谓历历在目，嬉笑怒骂皆成文章，今天却阴阳相隔、物是人非，我真是心如刀绞哪！”皇帝流泪道。
    “我们毕竟不是超人呀！”萧浩然叹息着，眼眶再次湿润了。
    “故人陆续凋零，好似风中落叶。罢了、罢了。”皇帝泪流满面。
    吴俊垒去世后，陆军副总司令赵海军升任为陆军总司令，帝国本土四大军区总司令刘锦棠上将被提升为陆军副总司令。毕竟帝国此时还在战争时期，军队是千万不能乱的。
    但吴俊垒的去世极大地使得陆军方面对日本的仇恨更加火上浇油。毕竟东北的满清余孽的叛乱也是日本复国会挑拨勾结而起的，没有这场叛乱，吴俊垒自然也不会意外身亡。各部队要求彻底消灭日本的愿望也犹如爆发前的火山般不可抑制。
    如何处理日本？这是帝国高层当务之急必须要解决的问题。