驻守东北的第四十八军叛国的同时，南洋地区也爆发了大规模的叛乱，南洋叛军是当初帝国组建的日本雇佣军。帝国在征服菲律宾、印尼等南洋地区后，虽然在当地都组建了傀儡政权进行统治，但这些附属国和新占领区内仍然存在着大量的反抗分子。这些抵抗势力基本以游击队的方式存在，对帝国在当地建立的新社会秩序进行各种形式的破坏和偷袭，同时不少当地的菲律宾人、印尼人也暗中支持和同情这些本族的抵抗势力。为了处理这种棘手的问题，帝国军大量使用朝鲜仆从军和日本雇佣军进行扫荡。由于帝国军为了顾及帝国的名声和在当地统治的稳定性，从而不能公开进行扫荡活动以及剿杀抵抗势力，毕竟这样会沾染上“屠杀平民”的恶名，也不能清洗那些同情和支持抵抗势力的当地平民，因此这些肮脏的事情基本都交给朝鲜仆从军和日本雇佣军去做。事实上，日本雇佣军在剿灭和屠杀当地反抗势力的时候一直是冷酷无情、不遗余力，这也让南洋军区慢慢地放松了对这些由前日本军人组成的雇佣军的警惕，这自然让这些狼子野心的日本武装势力得以乘虚而入。
    原本日本雇佣军希望英法联合远东舰队能够全歼帝国海军的印度洋舰队，这样他们就能配合取得了南海制海权的英法军夺取帝国的南洋附属国和海外省，并在英法的支持下以南洋地区以及移民南洋的百万华人为筹码，换来日本本土的独立。但局势却没有按照他们设想的那样发展，英法海军势力都被驱逐出了东南亚，这让日本雇佣军陷入孤军奋战的不利境地里。尽管大局并不适合反叛，但日本雇佣军明白一件事，日本复国会对帝国本土施行细菌战后必然会让帝国方面彻底丧失对日本的信任，日本本土不但会遭到报复，日本雇佣军也会被解散。与其坐以待毙，不如孤注一掷。基于这样的考虑，驻守印尼的日本雇佣军6个旅团、5万余日军在迫于无奈之下，发动了集体叛乱。（在南洋地区，朝鲜仆从军驻守菲律宾，日本雇佣军驻守东印尼省和西印尼省）
    做了帝国军12年走狗的日军彻底暴露出了野心狼的本质。日本雇佣军势力原先主要由小川又次中将和田村怡与造中将担任正副总指挥，田村中将几年前病死于南洋后，皇族成员泷泽月中将成为雇佣军的二号人物。小川和田村两人都是日本陆军近代最杰出的战略家之一，特别是小川中将，他曾经撰写了巨细无遗、面面俱到的《清国征讨方略》，为日本入侵中国制定了非常详细的计划，对敌我双方的力量对比也有着入木三分的精辟分析。但可惜，人算不如天算，中华帝国的崛起让日本入侵清国的战略计划彻底烟消云散，日本都成为了中华帝国的附庸国。在这种情况下，大批日本陆军的高层将领选择自杀殉国或者进行飞蛾扑火式的反击。而小川中将则精心制定了“磨刀再战”的方针，表面上看，他是日本陆军高层当初首批主动投靠中华帝国的“识时务者”，但实际上，他则在背地里连同田村等雇佣军的其他高级将领与转入地下活动的日本情报机构负责人川上操六继续密谋日本的复国。为了激励自己，小川中将背地里时常以越王勾践自比，同时用“有志者，事竟成，百二秦关终属楚；苦心人，天不负，三千越甲可吞吴”这句话来自勉，以效仿越王勾践卧薪尝胆的精神。
    帝国高层都没有想到，日本雇佣军的头号人物竟然是日本复国会的主要领导人。表面上，小川又次、泷泽月等人对帝国死心塌地忠诚，甘心充当帝国军的走狗和爪牙，惟帝国军马首是瞻，在清剿南洋抵抗势力以及屠杀那些反抗帝国统治的南洋当地居民的时候，小川等人从来都是大挥屠刀、毫不犹豫。十多年里，他们用上百万菲律宾人、印尼人的生命和鲜血来证明了自己的“忠诚”，成功取得了帝国军方面的信任。如今，他们则彻底露出了深藏不露的野心。在小川中将和泷泽月等人的精心策划下，帝国军安插在日本雇佣军内的“军事顾问”等眼线尽皆被杀死，驻守雅加达郊区的日本雇佣军第1旅团连夜突袭了一百多公里外的万隆，将城内的五万余华人华侨都扣押为了人质。驻守印尼其他地区的其他五个旅团的日本雇佣军也纷纷如法炮制，杀死了眼线，突袭附近的城市，扣押当地华人华侨为人质。日本复国会则为反叛了的雇佣军提供了源源不断走私倒卖来的军火和大量的资金。
    一时间，帝国的东北和南洋尽皆陷入了叛乱的内战中。再加上东部沿海地区和西南内陆的疫情，整个帝国进入了建国以来前所未有的动荡里，全国一片人心惶惶。瘟疫和叛乱犹如野火般在帝国辽阔的国土上蔓延着。
    极度震怒的帝国高层迅速制定镇压叛乱的对策。对于发生在东北的叛乱，圣武皇帝等人知道这是帝国内部的民族分裂，必须谨慎对待，不能因此而破坏汉族和其他少数民族的关系。皇帝迅速想到了一个人。
    爱新觉罗·载湉，原为清德宗光绪皇帝，他虽然宅心仁厚、奋发图强，但在位期间一直是慈禧皇太后操控的傀儡木偶。当初借助帝国航空兵和特种兵的帮助，光绪上演了一幕飞跃紫禁城的逃亡计划。投奔帝国只后，爱新觉罗·载湉被任命为国民代表大会常务委员会主席，相当于西方的议会的议长。这么多年来，载湉过着平凡而不平庸的日子，虽然没有突出贡献，但确实也是任劳任怨。当初第一次满清余孽发动叛乱后，载湉立场坚定地拒绝和叛军同流合污，这不但让帝国政府彻底信任他，也为他本人赢得了很大的口碑。当圣武皇帝见到载湉时，发现这位前朝的皇帝过得很不错，气色很好、如沐春风。当初做那个傀儡皇帝时，载湉不但长期缺少关爱，生活在抑郁和痛苦中，而且衣食住行也没有得到照顾，吃的都是馊冷的饭食。这也是载湉极度厌恶清廷和满清皇室的原因之一。此时担任国会主席的载湉，过的自然是比较富足的日子，他还续了弦，生了两个儿子和一个女儿（他当初的隆裕皇后在帝国军攻取北京时已经自缢而死）。
    见到皇帝亲自驾临，载湉急忙恭恭敬敬行半鞠躬礼：“微臣见过皇上。”
    皇帝点头道：“免礼吧。朕找你，是因为东北爆发叛乱了，你可知晓？”
    载湉顿时紧张惶然道：“微臣已经知道了，是当初满清遗臣和皇室后裔发动的。微臣...真是罪该万死。”
    皇帝摇头道：“这和你无关。这么多年来，你坚定不移地拥护国家统一以及各民族平等，全国都是有目共睹的。只可惜，很多人反而不如你的觉悟。”
    载湉感动道：“皇上真乃千古第一仁君。像我这样的前朝君王，搁哪个朝代都肯定要被新的君王给除掉以绝后患。皇上宽宏大量、仁慈英明，微臣即便粉身碎骨，也难报皇上恩德。”
    皇帝正色道：“这次东北叛乱，比较敏感，因为叛贼首脑良弼、铁良、溥伟等人都是满清时期的遗臣和皇室的后裔，他们打出的旗号是‘驱逐汉人，光复大清’，如此一来，他们的举动不仅仅是单纯的造反，而且还刻意地挑拨起了汉族和满族的平等团结关系。朕非常担心广大满族同胞会遭到蒙蔽和欺骗，被这些野心家所利用，造成国内不同民族之间发生分裂。镇压东北的叛乱，不仅仅是军事行动，也是政治行动，维护汉满团结是最为重要的当务之急。”
    载湉羞愧道：“良弼等人之举，狭隘极端，实乃鼠目寸光。他们这样做，简直是陷广大满人全族于不仁不义。他们的举动不但破坏了各民族之间的团结，更加使得满族人的名誉遭到玷污。他们不以国家大义出发，仍然以一族之利为目的，这样，全国其他民族如何看待我满族？全国一百多个民族都是手足兄弟，偏偏部分满人仍然心怀叵测，这真是令我痛心疾首。”
    皇帝点头道：“对，朕忧心的就是这个。朕如果派出汉族军队去镇压，那肯定会引起部分满人同胞的误解，也更加容易被良弼等人利用这种民族情绪进行叛乱。所以，朕希望满人同样能在这场满人发起的叛乱中起到作用。这样，既能瓦解叛军的民族情绪，也能挽回满族的名誉。”
    载湉连连称是：“皇上所言甚是。微臣愿意竭尽心力。”
    皇帝笑道：“朕就是这个意思。另外，我记得你有三位同辈分的满清皇室后裔青年在帝国军校里学习，分别是爱新觉罗·载沣、爱新觉罗·载洵、爱新觉罗·载涛，朕决定让他们担任军事将领，效忠帝国、平定叛乱，如果他们立下功勋，朕一定重重嘉奖。无论是满族还是汉族，朕一律一视同仁。”
    载湉感激道：“谢皇上。”
    镇压东北的叛乱，不仅仅是军事行动，更加是政治上的宣传战。陆军总司令吴俊垒元帅奉命前往华北指挥第14集团军和东北未参加叛乱的两个军进行镇压，前满清光绪皇帝爱新觉罗·载湉、前满清镇国将军爱新觉罗·溥侗等拥护帝国的满清皇室成员负责进行宣传攻势，爱新觉罗·载沣、爱新觉罗·载洵、爱新觉罗·载涛等满清皇室后裔的青年军官纷纷被重用，担任镇压叛乱的帝国军中高层军官。帝国政府如此安排，一来是瓦解叛军的斗志和精神支柱，同时也是通过重用载沣、载洵、载涛等人来彰显帝国在民族问题上的公平公正以及对满清皇室后裔的信任，以此稳定人心。
    北洋军区和南洋军区的帝国军也全部进入紧急状态。北洋军区各部队奉命严密监视日本本土并全力搜捕复国叛乱分子，南洋军区部队则联合朝鲜仆从军全力镇压叛乱的日本雇佣军。
    疫情和叛乱一样刻不容缓。实际上，疫情对帝国社会带来的危害远远大于叛军。由于帝国已经和英法俄开战，同德奥土等盟国的海上通道已经走不通，而陆地上的通道也没有打通，各个盟国无法给帝国提供医疗上的支援，这让帝国不得不依靠自己的力量来克服这次空前的危机。国内外新闻媒体对此进行了连篇累牍的报告，总体来说，同盟国和联盟国两大阵营对此采取了截然不同的态度。德意志帝国、奥匈帝国、奥斯曼帝国都声称“发生在中华帝国境内的巨大疫情灾难是英法两国勾结日本复国组织人为施行的细菌战，这个可怕的现实说明了英法两国政府已经到了丧心病狂的地步，成为卑鄙无耻的代名词，两国政府为了维护自身的统治利益而犯下了空前严重的罪行，成为人类文明世界所不容的反人类的反动政府，两国臭名昭著的做法和人类社会的正义精神背道而驰，同时这也恰恰体现出了同盟国阵营在这场战争里的正义性”，同时德奥土盟国同仇敌忾地表示了对中国的同情，并承诺会履行同盟条约，做出盟国应尽的支持和义务。但实际上，由于德奥土三国和帝国完全分隔开来，能够起到的实质性帮助基本是无关痛痒的。
    英法两国竭力辩称本国和中国境内爆发的瘟疫毫无关系，也对内幕毫不知情，声称德奥土无中生有的污蔑说话完全是子虚乌有，两国政府本着人道主义精神，对死难的中国平民表示哀悼，同时规劝中华帝国政府为自身行为进行思索。总体来说，联盟国阵营基本是幸灾乐祸的态度，俄罗斯最为明显，美国则仍然是置身事外、不置可否。至于中立国，基本都隔靴搔痒地表示震惊和慰问。
    这场浩劫也对帝国各界各地造成了多方面的影响，除了直接的破坏和损失外，还引起了帝国社会的多层次动荡，很多问题也因此而暴露出来，从以下的新闻报道可窥一斑。
    《帝国民报》报道到：“...此次的大瘟疫规模几乎是史无前例，席卷了东部沿海大部分地区和西南重庆直辖市，波及河北、江苏、浙江、安徽、福建、广东、东山、四川共八个省，以及北京市、天津市、南京市、上海市、重庆市、湘江特区、澳门特区等地。其中最为严重的地区就是珠江三角洲和广州市。广东省是阴谋分子重点袭击的地区，再加上当地气候较为湿热，这更加使得疫情一发不可收拾。事发后，湘江政府迅速关闭了深圳河，以此避免广州的疫情扩散到湘江。昔日华南明珠的广州市，此时已经繁华不再，死亡的阴影和尸臭味占据了整个城市。每天都有大量的感染致死的尸体和病人络绎不绝地被送到市区的医院和军队临时建立的野战医院里，城内每一家医院都被病人填满。鼠疫患者浑身滚烫，脓血斑驳，呼吸急促，休克昏厥，口鼻之间尽是脓痰黏液，死者浑身呈现紫黑色，惨不忍睹、触目惊心；霍乱患者上吐下泻、浑身痉挛抽搐并脱水，衰弱无力，痛苦不堪；伤寒患者高烧不退，腹胀便秘，出疹如麻，奄奄一息、目光呆滞。医院里人满为患，呻吟哀号声不绝于耳，腥臭味刺鼻，医生护士尽皆操劳得疲于奔命、分身乏术。街上被捕杀的猫狗尸体堆积成山，人对老鼠的恐惧感已经到了前所未有的地步，有歌谣唱道‘东死鼠，西死鼠，人见死鼠如见虎’。广州全城几乎十室九空，全城一片空旷萧瑟，在军队和市政府的安排下，全市人口被集中起来分批隔离。大街小巷上经常见到倒毙的尸体，医院的太平间里也堆满了尸体。政府已经下令，严禁土葬，所有尸体必须进行火葬。这让全市的殡仪馆不得不日益开工，停尸房里堆满了来不及烧的尸体。为了防止尸体腐烂扩大疫情，市政府在郊区出动警察并在军队的协助下挖掘了数个露天焚烧坑焚烧尸体。一辆辆特殊军用车辆运送着一车车经过核实身份的死尸倒入坑内，然后浇上燃油焚烧，尸油焦臭味刺鼻，在场的工作人员无不呕吐，死尸焚烧的黑烟遮天蔽日，那是犹如地狱般的可怕场景。”
    《南方日报》报道到：“疫情最严重的地区就是广州、湘江、北京、南京、上海、天津、重庆这七座城市，原本渤海湾地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区都是帝国的经济最发达的富庶之地，如今都遭到了极大的破坏。这七座城市全部被封锁，食物和生活用品进行配给制，每个城市都有一个城区特地隔离起来作为病人和感染者所在的隔离区，城内以及附近郊区农村的病人都被统一安排在这里，城市附近的乡镇医院里也挤满了人。城市其他地区尽是萧条之景，生产基本停顿，除了医药厂外，工厂、企业、商铺、学校、银行、超市、集市...全部停工。各地社会治安开始急剧败坏，犯罪率激增，每日各地都发生大量的打砸抢烧事件，人的精神已经达到了最紧张的地步，巡逻的军警和宪兵都穿着防化服，抓住暴徒后直接就地枪决。很多市民试图离开家乡，逃命的难民川流不息，数以万计的汽车、马车、牛车...把道路堵塞得水泄不通。但城市和外界的每一个通道都被全副武装的军队牢牢封锁，恐慌的人群中有个别人情绪失控试图翻越栏杆，直接被守军当场射杀击毙，交通得到严格管制。城市的一些村庄已经成为死村，大片郊区变成杳无人烟的无人区，曝骨履肠、哀鸿遍野，异常凄惨。而疫区急需的粮食、医药、帐篷、衣物、日用品这些紧缺物品都是荷枪实弹的军队押运进城，哄抢物资者直接会被军队射杀。在这种关键时刻，铁腕手段才是维持社会秩序最有效的办法。”
    “尽管帝国政府并没有正式宣布，但日本人是这场大瘟疫的罪魁祸首的说法已经得到了多方面的证实。对日本人的仇恨情绪迅速在帝国各地各界升温，移民定居在帝国境内的日本人成了群情激奋的民众泄恨的对象，尽管这些日本人都已经加入了帝国国籍，但暴风骤雨般的怒火还是毫不犹豫地淹没了他们。截止到二月初，全国各地针对日裔居民的暴力事件已经超过一千多起，造成了三百多日裔居民丧命。愤怒的民众群体殴打这些日裔居民，打砸他们开设的商店，被活活打死或者被迫害致死的日裔居民数以百计，另外还发生几十起强奸事件。实际上，当地警察在接到报案后基本无动于衷，并不阻止这些暴力事件，也不保护这些日裔居民，因为身为执法者的警察毕竟也是普通人，在这种事情上大多选择和本国同胞同仇敌忾。”
    “发生在日本王国广岛地区的‘2·12’特大杀人事件的真相已经水落石出，行凶者为帝国驻日本的第八集团军第68师第204团某班的8名士兵。这8名士兵都是广东省佛山人，他们在数天前获悉自己的家乡已经成为疫情重灾区，班长陈某的父母和妻子都已经感染鼠疫而不幸死难，其他7名士兵家中也都有死于疫情的亲人。2月12日夜晚，这八名官兵在喝了两瓶酒后决定为亲人报仇，随后他们前往附近的一个乡村，用步枪和手榴弹杀死了村里的六十三名日本居民，包括二十九名妇女和儿童，全村只有五人侥幸生还。次日上午，获知此事的第204团团长王某却选择包庇部下，并没有向师部和军部报告这起空前严重的犯罪事件。经过帝国驻日派遣军最高军事法庭的审判，犯罪的八名官兵被判处十五年至二十年有期徒刑，团长王某被判处记大过一次。”
    “2月15日，浙江省温州药案得到最终宣判。犯罪团伙为首的周某原为温州药品商人，帝国境内爆发大规模疫情后，周某伙同多名同行，乘机用非法手段囤积了大量青霉素和氯霉素，然后在市场上大肆炒作，哄抬药价，使得当地市场上的青霉素和氯霉素药价在半个月内暴增二十多倍，同时还大肆制造假药，周某等人因此而牟取七十余万元的非法收入。经调查，在此之前，周某等三十多名温州商人就在帝国各地多次进行炒房活动，哄抬房价，谋取暴利。经过温州中级法院宣判，周某等人分别获刑有期徒刑七年至五年，同时没收全部的非法所得。但圣武皇帝陛下获悉这起案件后，亲自御批结果并得到了国会的审核，周某等三十八名罪犯全部被判处死刑，并且立即执行。皇帝陛下说，‘在这种国难当头的时刻，每一位国民都有毁家纾难、帮助他人的义务，全国上下应该万众一心、共度难关，但周某这种唯利是图的奸商，却乘机投机倒把、哄抬物价、炒作商品、制假贩假，以此牟取暴利，行为简直恶劣至极。利用同胞的危难来捞取钱财，等同于草菅人命、谋财害命，不管是炒作药品、房价，还是油盐酱醋等生活用品，都是寡廉鲜耻的社会的败类，不死不足以平民愤。2月16日上午，周某等三十八名投机倒把的非法商人在温州市中心集体被枪决。”