帝国军队的正式名称为大中华帝国国防军，一般仍然简称为汉军。全面重新整顿后的帝国军队编制包括禁卫部队和野战部队（第五军的两个暂编师等其他附属部队全部解散），其中，禁卫部队（御林军）包括2个禁卫军、6个禁卫师、18个禁卫团，总兵力10万；野战部队包括5个集团军、15个军、45个师、135个团，总兵力70万。帝国军每个团包括三个步兵营、一个团部直属步兵营、一个工兵营、一个炮兵营、一个侦察营、一个辎重运输营、一个野战医院、一个通讯连等部队，每个师、每个军、每个集团军同样拥有相应的直属部队，因此汉军每个团约4000兵力，每个师15000兵力。除了正规部队，帝国军队的预备役民兵部队也同时建立。这样，前线野战军部队损失惨重的情况下，帝国军仍然有源源不断且经过训练的兵源加以迅速补充。预备役民兵部队以县为单位，帝国境内每个县根据本县人口总量施行“廿抽一”原则，即如果一个县有一万人口，那该县政府就必须组建五百人的民兵部队，以供军队调用。这些民兵部队平时除了进行必要的军事训练外，还担任屯垦部队的开荒任务，配合当地农民开垦荒地，半农办兵，以增加耕地的面积和粮食产量，减轻国家和人民的负担。
    禁卫部队（即御林军，驻守首都南京和华东地区）司令段江涛 副司令樊昌昊
    禁卫第一军 军长段江涛
    禁卫第1师（禁卫第1、第2、第3团）
    禁卫第2师（禁卫第4、第5、第6团）
    禁卫第3师（禁卫第7、第8、第9团）
    禁卫第二军 军长樊昌昊
    禁卫第4师（禁卫第10、第11、第12团）
    禁卫第5师（禁卫第13、第14、第15团）
    禁卫第6师（禁卫第16、第17、第18团）
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    野战部队：
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    第一集团军（驻守西南和广西） 司令龙兴汉 副司令张仲伟
    集团军炮兵部队总指挥 徐栋
    第一军 军长张仲伟 副军长张桂山（原义军领袖）
    第1师（第1团、第19团、第20团）师长项崇周（原苗军领袖）
    第7师（第2团、第21团、第22团）师长冯兆金（冯子材侄子）
    第8师（第3团、第23团、第24团）师长周万顺（原清军将领）
    第十一军 军长冯子材（原云南提督） 副军长刘永福（原黑旗军统帅）
    第31师（第91、第92、第93团）师长冯相荣（冯子材长子）
    第32师（第94、第95、第96团）师长冯相华（冯子材次子）
    第33师（第97、第98、第99团）师长丁槐（刘永福老部下，黑旗军名将）
    第十二军 军长苏元春（原广西提督） 副军长唐景崧（淮军名将）
    第34师（第100、第101、第102团）
    第35师（第103、第104、第105团）
    第36师（第106、第107、第108团）
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    第二集团军（驻守华中地区） 司令刘锦棠 副司令罗显文
    集团军炮兵部队总指挥 刘益
    第二军 军长彭皓亮
    第2师（第4团、第25团、第26团）师长张光前（原淮军庆字营统领）
    第9师（第5团、第27团、第28团）师长董履高（原淮军树字营统领）
    第10师（第6团、第29团、第30团）师长曹德庆（原淮军庆字营协统领）
    第七军 军长 宋庆（原湖南提督） 副军长梅东益（原贵州提督）
    第19师（第55、第56、第57团）
    第20师（第58、第59、第60团）
    第21师（第61、第62、第63团）
    第八军 军长张彪（原湖北提督） 副军长张权（张之洞长子）
    第22师（第64、第65、第66团）
    第23师（第67、第68、第69团）
    第24师（第70、第71、第72团）
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    第三集团军（驻守西北地区） 司令华震东
    集团军炮兵部队总指挥 熊虎
    第三军 军长刘佳恒
    第3师（第7团、第31团、第32团）
    第11师（第8团、第33团、第34团）
    第12师（第9团、第35团、第36团）
    第六军 军长刘峰岭
    第6师（第16团、第49团、第50团）
    第17师（第17团、第51团、第52团）
    第18师（下辖第18团 第53团 第54团）师长洛桑德吉（原清军藏族将领）
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    第四集团军（驻守东南和广东） 司令赵海军
    集团军炮兵部队总指挥 于悦
    第四军 军长余尔玛（原清军羌族将领）副军长侯宝斋（原哥老会西安分舵舵主）
    第4师（第10团、第37团、第38团）师长风秋雨
    第13师（第11团、第39团、第40团）
    第14师（第12团、第41团、第42团）
    第九军 军长左宝贵（原清军浙江提督） 副军长王有宏（原淮军宿将、总兵）
    第25师（第73、第74、第75团）
    第26师（第76、第77、第78团）
    第27师（第79、第80、第81团）
    第十军 军长刘铭传（原清廷东山巡抚）副军长唐远友（淮军名将）
    第28师（第82、第83、第84团）
    第29师（第85、第86、第87团）
    第30师（第88、第89、第90团）
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    第五集团军（驻守华北地区和黄河） 司令吴俊垒 副司令聂士成（原清廷河南提督）
    集团军炮兵部队总指挥 殷啸天
    第五军 军长董彦杰 副军长朱一灵
    第5师（第13团、第43团、第44团）师长果基约达（彝族，原彝族军头领）
    第15师（第14团、第45团、第46团）师长罗洪作一（彝族，原彝族军头领）
    第16师（第15团、第47团、第48团）师长倮伍尔嘎（彝族，原彝族军头领）
    第十三军 军长董福祥（原清廷喀什噶尔提督） 副军长马金叙（原清廷徐州镇总兵）
    第37师（第109、第110、第111团）师长黎玛、副师长吴熙
    第38师（第112、第113、第114团）师长冯国璋
    第39师（第115、第116、第117团）师长段祺瑞
    第十四军 军长王孝祺（淮军名将）副军长温兴茂
    第40师（第118、第119、第120团）
    第41师（第121、第122、第123团）
    第42师（第124、第125、第126团）
    第十五军 军长章高元（淮军名将）副军长曲吉东
    第43师（第127、第128、第129团）
    第44师（第130、第131、第132团）
    第45师（第133、第134、第135团）
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    海军方面：
    海军总司令 杨岐珍（原清廷福建水师提督）
    海军副总司令 方耀（原清廷广东水师提督）
    第一舰队司令 萨镇冰 主力军舰为“威远”号和“广甲”号轻型巡洋舰；
    第二舰队司令 尹润海 主力军舰为“康济”号和“广乙”号轻型巡洋舰；
    第三舰队司令 李喜浩 主力军舰为“敏捷”号和“广丙”号轻型巡洋舰；
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    由于帝国军已经全面驶上正规化建设道路，因此现代化的军衔制度也随之出炉。帝国军的新军衔制度分为六等十八级：
    大元帅：仅仅授予大中华帝国皇帝本人
    元帅
    将级（四级）：上将、中将、少将、准将
    校级（三级）：上校、中校、少校
    尉级（三级）：上尉、中尉、少尉
    士官（三级）：上士、中士、下士
    士兵（四级）：上等兵、一等兵、二等兵、列兵
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    部分高级官员名单：
    四川省长 刘秉璋（原清廷四川总督）
    湖北省长 安徵煜（原清廷湖北巡抚）
    湖南省长 张煦（原清廷湖南巡抚）
    甘肃省长 陶模（原清廷陕甘总督）
    陕西省长 托忒克·端方（原清廷陕西巡抚，满族正白旗人）
    江苏省长 瓜尔佳·奎俊（原清廷江苏巡抚，满族正白旗人）
    浙江省长 陈士杰（原清廷浙江巡抚）
    福建省长 张兆栋（原清廷福建巡抚）
    广西省长 沈秉成（原清廷广西巡抚）
    广东省长 吴大澄（原清廷广东巡抚）
    云南省长 丁振铎（原清廷云南巡抚）
    山东省长 张曜（原清廷山东巡抚）
    东山省长 刘铭传（原清廷东山巡抚）
    海南省长 张士锃（原清廷广东省琼州府知府）
    工业部长兼交通部长 张之洞（原清廷湖广总督）
    财政部长 刘坤一（原清廷两江总督）
    农业部长 王文韶（原清廷云贵总督）
    检察部长 卞宝第（原清廷闽浙总督）
    教育部长 魏光焘（原清廷两江总督）
    民政部长 周馥（原清廷山东巡抚）等等。