5岁的孩子为江东之王，旁边即使有两个顾命大臣，又有何用？很快矛盾就显示出来了。就在成帝举行即位大典的时候，王导却借口生病不去。为什么呢？因为在明帝的遗诏中，根本就没有王导顾命大臣的位置，这叫王导心中不爽。
    尚书令卞壶找到王导，对他厉声说：“你这种作法，难道能被人称为社稷之臣吗？大行皇帝的灵柩还停留在朝堂之上，皇太子还没有即位，这是臣子应该请假的时候吗？”
    好在王导想了想，觉得自己是不对，赶紧坐车去参加成帝的即位大典去了。
    按照明帝的遗诏，司马样本该成为顾命大臣之首，但是庾亮并不想让司马样站在自己头上。因为庾亮与司马样的弟弟南顿王司马宗的关系不好。明帝病重时，其舅虞胤为右卫将军，与左卫将军南顿王司马宗同掌禁卫军权。尚且，这两人的私人关系也不错。
    禁卫军可不是闹着玩的，是护卫皇宫和建康的武装力量，必须掌握在自己人手中。庾亮当然心中有所顾忌，早就想拿着二人开刀。
    王导也是处于公心，明帝还在的时候，与庾亮一起向明帝提醒，怕司马宗会与虞胤一起，在明帝死后，拥立司马宗的哥哥西阳王司马样为帝。明帝不信，反而更加信任虞胤和司马宗。还有一次，庾亮想半夜入见明帝，被南顿王司马宗喝斥：“这是皇家宫廷，岂是像你们庾家自己的家门一样，愿意进就进，愿意出就出！”
    明帝弥留之际，庾亮还对明帝说，为了防备日后司马宗、司马样和虞胤三人有密谋，希望马上处理他们。明帝不听，反而让人把时任太宰的司马样、太保王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴，丹阳王温峤以及庾亮叫到一起，共受遗诏辅政。
    现在明帝不在了，庾亮是小皇帝的舅舅，为了加强舅党，压制司马样的力量，庾亮就和王导一齐上表，对小皇帝说，你现在年纪还小，皇太后庾文君应该按照汉朝邓太后临朝承制的故事，请求皇太后庾文君临朝听政。
    司马衍一听挺高兴，和自己的亲娘坐在一起，听候朝臣的祝贺，这样自己就不害怕了，哪有不从之理。而庾文君就不一样了，大了几岁，听到的事情多了，女人哪能干涉朝政，硬是不同意。
    你不同意不行，庾亮一个劲地劝妹妹，为了年轻皇帝的帝位，你必须这样做，要不，这么小的孩子，权力很快就被人夺了去。庾文君经过四次推让，终于在君臣的劝进下，“不得已”临朝听政。
    庾太后一听政，就管不得那么多了，于明帝的遗诏于不顾，任命王导为录尚书事，即是最终重要文件的形成者，也就是成了东晋政权中的最终决策者，并与中书令庾亮共同辅佐朝政，直接把司马样等人架空了。
    为了安抚司马样一党，庾太后加封司马宗为骠骑将军，虞胤为大宗正，趁机把禁卫军的军权给拿了下来。司马样真正的首席顾命大臣位置，名也不存实也亡了。
    庾亮削弱了司马样一派的势力后，并没有到此为止。晋成帝元年（326年）十月，有人上书称南顿王司马宗企图谋反。得到奏疏后，庾亮立即命令朝廷派兵前去捉拿，司马宗领兵拒战，被朝廷所杀。
    接着，被庾氏所控制的东晋朝廷，贬司马宗一家为马氏，司马宗的三个儿子都被废为百姓。庾太后又下诏，免去太宰西阳王司马样的职位，降为弋阳县王，大宗正虞胤也被贬为桂阳太守，以示惩罚。
    司马宗的亲信卞阐逃奔投靠苏峻，而此时的苏峻也对庾亮擅自废黜司马样感到不满。庾亮命令苏峻将卞阐送归朝廷处理，但苏峻将其藏匿，拒不交出。这让庾亮耿耿于怀，也为以后的叛乱埋下隐患。
    司马宗被杀，司马样被废，年仅6岁的成帝司马衍哪里知道。司马衍好长时间没有看到司马宗了，有一天就问庾亮：“舅舅，平常那个白胡子老爷爷怎么不见了，现在在哪里？”庾亮耐心地对成帝说：“南顿王司马宗因为谋反被杀。”
    司马衍听说后，哭道：“舅舅你说人家谋反，就杀掉人家，如果别人说你谋反，又该怎么办呢？”
    庾亮一听成帝这么说，脸色大变。一旁的庾太后就拿着一把尺子，照着成帝的头上打了一下，斥责道：“小孩子怎么能说这样的话呢？”
    司马衍不敢说了，只能愣愣地看着庾太后和庾亮。
    庾亮已经从司马样的手中夺回了执政大权，这只是一小步，接下来就要处理已经成为气候的流民势力了。明帝在时，为了巩固皇权，对付王敦，大力拉拢苏峻、祖约这些流民统帅。于是，庾亮先找叶枫前来商量，听听口风。
    庾亮说：“太师太傅呀，您在冀州的时候，曾和石勒打过不少仗。在祖逖将军还活着的时候，和他并肩，也没少和石勒打了，听说还取得了不少的胜利，占领了河南大片土地。现在江东逐渐强大，这些流民军队还需要吗？”
    庾亮说话什么意思，叶枫的心里早就猜到了，这是想拿着流民军队下手啊，只好不慌不忙地说：“苏峻的队伍，祖约的队伍，全是一些北方人。这些人为了要恢复中华的大好河山，有顽强的复国精神，打仗也勇敢。现在平阳的刘聪、襄国的石勒，势力非常强大，我们和他们相比，说实话吧，并不占上风。
    “有祖约的军队，苏峻的队伍挡着，才使建康如此平安。如果他们一去，则建康危矣，失去了最外面的一层保护伞。一旦石勒的军队长驱直入，直逼建康，我们若何？”
    听着叶枫这样说，庾亮去除流民统帅的想法又纠结了。再问：“太师太傅常在下面走，不知道这些流民队伍里都有什么想法？”
    叶枫半真半假地说道：“原来明帝在的时候，外有刘聪、石勒，内有王敦，所以非常看着这些流民队伍，经常和苏峻、祖约这些人谈心，送粮送钱，关爱备至。现在王敦已平，明帝归天，但是刘聪、石勒还在，战争仍要继续，只要有战争，就要有进行战争的军队。